index.Rmd

---
title: "FinistR : bootcamp R à Brocéliande"
date: "du 22 au 26 août 2022"
output: 
  html_document:
   toc: true
   toc_float: true
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE, cache = TRUE)
library(tidyverse)
```

## Où ? Quand ?

L'atelier Finist'R 2022 -- ou *bootcamp R* du groupe  [State Of The R](https://stateofther.github.io/)  s'est déroulé à la [station biologique de Paimpont](https://paimpont.univ-rennes1.fr/) du **22 au 26 août 2022**.

StateoftheR est un réseau du [département MathNum INRAE](https://www.inrae.fr/departements/mathnum). 

<iframe src="https://www.google.com/maps/embed?pb=!1m18!1m12!1m3!1d85436.48346682862!2d-2.3083283318138617!3d47.996510840576136!2m3!1f0!2f0!3f0!3m2!1i1024!2i768!4f13.1!3m3!1m2!1s0x480fb26a315ea6b5%3A0x1f048894aa81345b!2sBiology%20Station%20-%20University%20of%20Rennes%201!5e0!3m2!1sen!2sfr!4v1657203162856!5m2!1sen!2sfr" width="600" height="450" style="border:0;" allowfullscreen="" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer-when-downgrade"></iframe>


Il s'agissait de la sixième édition de l'atelier Finist'R. Cet atelier réunit annuellement un groupe de chercheurs, ingénieurs, doctorants, tous utilisateurs avancés de `R` et dévelopeurs de paquets pour explorer les dernières fonctionalités du logiciel et les nouvelles pratiques de développement. A l'issue de l'atelier le collectif produit une synthèse de cette veille logiciel de manière à progresser collectivement dans l'utilisation du logiciel mais surtout dans la production d'outils statistiques à destination de la communauté.

Le résultat de cette semaine est disponible  [sur cette page](https://stateofther.github.io/finistR2022/index.html)

## Participants
Emré Anakok, Julie Aubert,  Pierre Barbillon, Anna Bonnet, Saint-Clair Chabert, Félix Cheysson, Julien Chiquet, Annaïg De Walsche,  Sophie Donnet, Marie-Pierre Etienne, Pierre Gloaguen, Marina Gomtsyana,  Tam Le Minh, Mahendra Mariadassou, Tristan Mary-Huard, Aurélie Mercadier, Cédric Midoux, Isabelle Sanchez, Mary Savino.


## Idées explorées

### Machine Learning

- Comprendre et apprendre à utiliser les outils de différenciation automatique
- Manipuler les auto-encodeurs variationnels
- Manipuler les réseaux de neurones bayésiens
- Faire le point sur l'évolution des packages (version R de Torch, tidymodels)
https://torch.mlverse.org/docs/news/index.html
https://tidymodels.tidymodels.org/index.html
https://www.rstudio.com/conference/2022/keynotes/applied-machine-learning/

- Intégrer sklearn dans un workflow mixte R/python

### Ecosystème RStudio

- Rstudio addins
  - Comment en Programmer ?
  - Revue des addins existants qui peuvent être pertinent pour nous. 
Intégration de shiny gadget dans les addins.
http://rstudio.github.io/rstudioaddins/
https://github.com/daattali/addinslist

- La différence entre le Pipe de maggritR %>% et celui de R (4.1+) |>

### Shiny

https://www.rstudio.com/conference/2022/keynotes/past-future-shiny/

### Webscrapping et Analyse de texte

### Analyse de données spatialisées


### Reproductibilité, travail collaboratif

- Utilisation pratique de docker
- L'intégration continue en pratique

- quarto
https://www.rstudio.com/blog/announcing-quarto-a-new-scientific-and-technical-publishing-system/
https://www.rstudio.com/conference/2022/keynotes/collaborate-with-quarto/

### Graphiques et visualisation

- Visualisation de réseaux ou sorties des modèles sbm/lbm
https://lrouviere.github.io/TUTO_GRAPHES/index.html 
 
- package visNetwork https://datastorm-open.github.io/visNetwork/

### Parallélisation, gestion mémoire ...

- Nouveautés autour du package future
https://www.futureverse.org/


## Soutien

<img src = "resources/logo/logotype-mathnum-couleur449x84.png" width="230">  <img src = "resources/logo/Logo-INRAE.jpg" width="150">