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      <title>翠鸟（kingfisher）公共测序数据下载利器</title>
      <link href="/2021/08/14/kingfisher-gong-gong-ce-xu-shu-ju-xia-zai-li-qi/"/>
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        <content type="html"><![CDATA[<h2 id="写在前面"><a href="#写在前面" class="headerlink" title="写在前面"></a>写在前面</h2><p>一般在进行大规模组学研究的时候，都需要批量下载一定数量的测序原始数据来做进一步的分析。从实际工作中发现，下载数据时，往往会遇到网速限制或下载链接不可能等情况，当某个数据库的目标数据无法下载时，其实可以去其它公共数据库，比如NCBI SRA、EBI ENA、DDBJ SRA等下载。此外，还有一些大公司云服务器的资源可供使用，比如AWS Open Data和Google Cloud等。最重要的是，这些数据库之前都是实时共享的，保证了数据的有效性。</p><p>目前主流的测序数据下载工具是NCBI提供的工具<a href="https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software">SRAToolkit</a>，使用其中的<code>fastq-dump</code>直接下载SRR文件，并转换为FASTQ文件。但是，<code>fastq-dump</code>让人诟病的地方是效率不高，只支持单个线程，所以速度特别慢。此外，<code>fastq-dump</code>并不支持同时从多个数据源中尝试下载目标数据，因此下载失败的可能性很高。</p><h2 id="Kingfisher简介"><a href="#Kingfisher简介" class="headerlink" title="Kingfisher简介"></a>Kingfisher简介</h2><p><strong><a href="https://github.com/wwood/kingfisher-download">Kingfisher</a><strong>是近期公开的一个快速灵活的测序数据下载软件，支持从</strong>European Nucleotide Archive (ENA)</strong>, <strong>NCBI SRA</strong>, <strong>Amazon AWS</strong>和<strong>Google Cloud</strong>这四个数据源中下载数据，并且同时支持通过Run accession（比如DRR001970）和BioProject accession（比如PRJNA621514和SRP260223）来批量下载数据。<strong>Kingfisher会尝试从一系列的数据源进行数据下载，直到某个源能够成功下载为止。</strong></p><p>此外，还能根据用户的需求<strong>将下载数据直接输出为SRA、Fastq、Fasta或Gzip等格式</strong>，非常方便，不需要自己再对SRA数据通过fastq-dump进行拆分转换。</p><img src="kingfisher公共测序数据下载利器/kingfisher_logo.png" alt="Kingfisher logo" style="zoom: 67%;"/><h2 id="Kingfisher安装与使用"><a href="#Kingfisher安装与使用" class="headerlink" title="Kingfisher安装与使用"></a>Kingfisher安装与使用</h2><h3 id="安装"><a href="#安装" class="headerlink" title="安装"></a>安装</h3><p>如下所示，Kingfisher可以从通过conda软件包管理系统直接安装（创建一个kingfisher环境），注意在conda中添加<code>conda-forge</code>和<code>bioconda</code>这两个源。</p><figure class="highlight bash"><table><tr><td class="gutter hljs"><div class="hljs code-wrapper"><pre><span class="line">1</span><br></pre></div></td><td class="code"><div class="hljs code-wrapper"><pre><code class="hljs bash">conda create -c conda-forge -c bioconda -n kingfisher pigz python extern curl sra-tools pandas requests aria2<br></code></pre></div></td></tr></table></figure><p>激活kingfisher环境。</p><figure class="highlight bash"><table><tr><td class="gutter hljs"><div class="hljs code-wrapper"><pre><span class="line">1</span><br></pre></div></td><td class="code"><div class="hljs code-wrapper"><pre><code class="hljs bash">conda activate kingfisher<br></code></pre></div></td></tr></table></figure><p>安装必要的python包。</p><figure class="highlight bash"><table><tr><td class="gutter hljs"><div class="hljs code-wrapper"><pre><span class="line">1</span><br></pre></div></td><td class="code"><div class="hljs code-wrapper"><pre><code class="hljs bash">pip install bird_tool_utils<span class="hljs-string">&#x27;&gt;=&#x27;</span>0.2.17<br></code></pre></div></td></tr></table></figure><p>下载安装最新的kingfisher源码，并将可执行文件加入到环境变量中。</p><figure class="highlight bash"><table><tr><td class="gutter hljs"><div class="hljs code-wrapper"><pre><span class="line">1</span><br><span class="line">2</span><br><span class="line">3</span><br><span class="line">4</span><br></pre></div></td><td class="code"><div class="hljs code-wrapper"><pre><code class="hljs bash">git <span class="hljs-built_in">clone</span> https://github.com/wwood/kingfisher-download<br><span class="hljs-built_in">cd</span> kingfisher-download/bin<br><span class="hljs-built_in">export</span> PATH=<span class="hljs-variable">$PWD</span>:<span class="hljs-variable">$PATH</span><br>kingfisher -h<br></code></pre></div></td></tr></table></figure><p>此外，如果需要支持<code>ena-ascp</code>方法，需要额外安装IBM提供的Aspera软件。</p><p>Aspera下载链接为：</p><p><a href="https://www.ibm.com/aspera/connect/">https://www.ibm.com/aspera/connect/</a></p><p>下载Linux版本安装包，然后使用<code>tar zxvf</code>命令进行解压，里面有一个安装的bash脚本，直接运行即可进行安装。</p><p>安装完成后，可以在如下默认位置找到可执行文件和配置文件：</p><ol><li><p>可执行文件，将其加入环境变量中。</p><figure class="highlight bash"><table><tr><td class="gutter hljs"><div class="hljs code-wrapper"><pre><span class="line">1</span><br></pre></div></td><td class="code"><div class="hljs code-wrapper"><pre><code class="hljs bash"><span class="hljs-variable">$HOME</span>/.aspera/connect/bin/ascp<br></code></pre></div></td></tr></table></figure></li><li><p>openssh文件：</p><figure class="highlight bash"><table><tr><td class="gutter hljs"><div class="hljs code-wrapper"><pre><span class="line">1</span><br></pre></div></td><td class="code"><div class="hljs code-wrapper"><pre><code class="hljs bash"><span class="hljs-variable">$HOME</span>/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh<br></code></pre></div></td></tr></table></figure></li></ol><h3 id="使用"><a href="#使用" class="headerlink" title="使用"></a>使用</h3><p><strong>注意</strong>：如果只想下载某个确定的SRA数据，则使用<code>-r</code>参数，提供SRR Number即可，如SRR12042866；若是想<strong>批量下载某个BioProject中的所有数据</strong>，则可以使用<code>-p</code>参数，提供BioProject Number，如PRJNA640275或SRP267791。</p>]]></content>
      
      
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