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knit: "bookdown::render_book"
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# Introdução ao `tidyverse`
::: {.rmdtip latex=1}
Busque mais informações sobre os pacotes que compõem o `tidyverse` [nas referências recomendadas](#refrec).
:::
## Criando uma *tibble*
* Uma *tibble* é uma tabela retangular.
* [Cada coluna é um vetor]{.hl}:
```{r}
cores <- tibble(
pessoa = c('João', 'Maria', 'Pedro', 'Ana'),
'cor favorita' = c('azul', 'rosa', 'preto', 'branco')
)
```
```{r}
cores
```
* Isto é um pouco diferente da maneira como estamos acostumados a ver tabelas (como uma coleção de linhas, em vez de uma coleção de colunas).
* A função `tribble` permite a entrada de forma mais natural, linha a linha. [Lembre-se de usar `~` antes dos nomes das colunas.]{.hl}
```{r}
cores <- tribble(
~pessoa, ~'cor favorita',
"João", "azul",
"Maria", "rosa",
"Pedro", "preto",
"Ana", "branco"
)
```
```{r}
cores
```
::: {.rmdcaution latex=1}
Mesmo que você crie uma *tibble* linha a linha, o R vai continuar tratando sua *tibble* como uma coleção de colunas.
É importante lembrar disto para entender a forma como R manipula estas tabelas.
:::
* Se uma coluna não puder ser armazenada em um vetor, a coluna será uma lista (com vetores como elementos):
```{r}
cores <- tibble(
pessoa = c('João', 'Maria', 'Pedro', 'Ana'),
'cor favorita' = list(
c('azul', 'roxo'),
c('rosa', 'magenta'),
NA,
'branco'
)
)
```
```{r}
cores
```
* Use `View()` para examinar interativamente o conteúdo de uma coluna-lista:
```{r eval=FALSE}
cores %>% View()
```
## Operador de *pipe* (`%>%`)
* O `tidyverse` inclui o pacote `magrittr`, que contém o operador `%>%`, chamado *pipe*.[^trocadilho]
[^trocadilho]: Por que o nome do pacote e o nome do operador formam um trocadilho?
* A idéia é facilitar a leitura de [composições de funções]{.hl}. O código
```{r eval=FALSE}
y <- h(g(f(x)))
```
pode ser escrito como
```{r eval=FALSE}
y <- x %>% f() %>% g() %>% h()
```
* Esta segunda versão é mais fiel à ordem em que as operações acontecem.
* Na verdade, R tem um operador de [atribuição para a direita]{.hl}, mas poucas pessoas recomendam usá-lo:
```{r eval=FALSE}
x %>% f() %>% g() %>% h() -> y
```
* Se `f`, `g` e `h` forem funções de um argumento só, os parênteses podem ser omitidos:
```{r eval=FALSE}
y <- x %>% f %>% g %>% h
```
* Se a função `f` tiver outros argumentos, escreva-os normalmente na chamada a `f`:
```{r eval=FALSE}
y <- x %>% mean(na.rm = TRUE)
```
* O *pipe* `EXP %>% f(...)` sempre insere o resultado da expressão `EXP` como o [primeiro argumento da função `f`]{.hl}.
* Se você precisar que o resultado da expressão `EXP` seja inserido em outra posição na lista de argumentos de `f`, use um ponto "`.`" para isso:
```{r eval=FALSE}
x %>% consultar(df, .)
```
equivale a
```{r eval=FALSE}
consultar(df, x)
```
## Formato *tidy*
* Nossa última versão da *tibble* `cores` é um pouco mais complexa do que deveria ser:
```{r}
cores
```
* O formato *tidy* exige que
1. [Cada linha]{.hl} da *tibble* corresponda a uma [observação]{.hl} sobre um indivíduo,
1. [Cada coluna]{.hl} corresponda a [uma variável observada]{.hl}, e
1. [Cada célula]{.hl} contenha [um valor]{.hl} da variável.
* Na *tibble* `cores`, a primeira e a segunda exigências são satisfeitas, mas a terceira não, pois algumas células contém valores múltiplos.
* A *tibble* não está no formato *tidy*.
* Podemos "extrair" estes vetores "aninhados" usando o comando `unnest`, do pacote `tidyr`:
```{r}
cores <- cores %>%
unnest(`cor favorita`)
```
```{r}
cores
```
* [A maioria das funções do `tidyverse` exige que as *tibbles* estejam neste formato *tidy*.]{.hl}
* Um exemplo mais complexo é o *dataset* `billboard`, com as seguintes colunas (para cada música que estava no *top 100* da Billboard no ano de $2000$):
* Nome do artista ou banda;
* Nome da música;
* Data em que a música entrou no *top 100* da Billboard;
* Para cada uma das $76$ semanas seguintes, a posição da música no *top 100*.
```{r}
billboard %>% glimpse()
```
* Vamos renomear as colunas:
```{r}
bb <- billboard %>%
rename(
artista = artist,
musica = track,
entrou = date.entered
)
```
```{r}
bb %>% head()
```
* [O que é uma observação]{.hl} neste conjunto de dados?
[A posição, em uma semana, de uma música]{.hl} que esteve no *top* $100$ da *Billboard* durante o ano *2000*.
* [Quais são as variáveis]{.hl} que qualificam cada observação?
* O artista,
* O título da música,
* A posiçao da música no *top* $100$ da *Billboard* em cada uma das $76$ semanas depois que ela entrou na lista.
* Este último item é complexo, e o criador da *tibble* decidiu criar uma coluna por semana.
* [Uma decisão ruim, pois existe informação embutida nos nomes das colunas.]{.hl} A coluna `wk68` corresponde à posição da música na semana $68$ após ela entrar na lista, [mas o número da semana só aparece no nome da coluna]{.hl}!
* Isto [nunca]{.hl} deve acontecer. [A informação deve sempre estar nas células.]{.hl}
* Vamos simplificar as coisas criando duas colunas:
* `semana`, com o número da semana; perceba que esta informação vem dos nomes das colunas,
* `pos`, com a posição da música naquela semana; esta informação vem das células.
* A *tibble*, que antes era larga, [vai ser mais estreita e mais longa]{.hl}.
* A função `pivot_longer`, do pacote `tidyr`, vai fazer o trabalho --- inclusive extraindo os números das semanas dos nomes das colunas:
```{r}
bb_tidy <- bb %>%
pivot_longer(
wk1:wk76,
names_to = 'semana',
names_prefix = 'wk',
names_transform = list(
semana = as.integer
),
values_to = 'pos'
)
```
```{r}
bb_tidy
```
* O R só mostra, por *default*, as $1000$ primeiras linhas de uma *tibble*.
* Na verdade, o número de linhas da tabela original era
```{r}
bb %>% nrow()
```
* O número de linhas, depois de `pivot_longer`, ficou:
```{r}
bb_tidy %>% nrow()
```
* Existem linhas onde `pos` tem o valor `NA`. São resultado da organização original dos dados, onde o `NA` indicava que a música não estava no *top* $100$ naquela semana.
* No novo formato, a ausência da linha com aquele número de semana já basta para indicar isto. Então, vamos eliminar as linhas onde `pos` é `NA`.
* A função `filter` [mantém]{.hl} as linhas que [satisfazem]{.hl} a condição dada; por isso, a condição é "`pos` não é `NA`":
```{r}
bb_tidy <- bb_tidy %>%
filter(!is.na(pos))
```
```{r}
bb_tidy
```
* O número de linhas ficou
```{r}
bb_tidy %>% nrow()
```
### Exercícios
* Todas as semanas deste conjunto de dados são do ano $2000$?
* Qual é o tipo do [primeiro]{.hl} argumento da função `filter()`?
## Manipulando os dados
### Criando novas colunas: `mutate`, `transmute`
* O *data frame*^[Considere *data frame* como sinônimo de *tibble*. Na verdade, *tibbles* formam um superconjunto de *data frames*: todo *data frame* é uma *tibble*, mas nem toda *tibble* é um *data frame*.] `cars` tem dados (de $1920$!) sobre as distâncias de frenagem (em pés) de um carro viajando a diversas velocidades (em milhas por hora):
```{r}
cars
```
* Vamos criar colunas novas com os valores convertidos para km/h e metros; além disso, uma coluna com a taxa de frenagem:
```{r}
cars %>%
mutate(
velocidade = speed * 1.6,
distancia = dist * .33,
taxa = velocidade / distancia
)
```
* Perceba que as colunas antigas continuam lá. [Se quiser manter apenas as colunas novas, use `transmute`]{.hl}:
```{r}
cars %>%
transmute(
velocidade = speed * 1.6,
distancia = dist * .33,
taxa = velocidade / distancia
)
```
* Ou use o argumento `.keep` de `mutate` para escolher com mais precisão. Veja a ajuda de `mutate`.
### Selecionando colunas: `select`, `distinct`, `pull`
* Vamos voltar à nossa *tibble* dos *top* $100$ da *Billboard*.
* Para ver só a coluna de artistas:
```{r}
bb_tidy %>%
select(artista)
```
* Para eliminar as repetições:
```{r}
bb_tidy %>%
select(artista) %>%
distinct()
```
* Para ver artistas e músicas:
```{r}
bb_tidy %>%
select(artista, musica) %>%
distinct()
```
* Para especificar colunas [a não mostrar]{.hl}, use o sinal de menos "`-`":
```{r}
bb_tidy %>%
select(-c(entrou, semana, pos))
```
* Para [extrair uma coluna na forma de vetor]{.hl} (`unique` é uma função do R base, aplicável a vetores):
```{r}
bb_tidy %>%
pull(artista) %>%
unique()
```
### Filtrando linhas: `filter`, `slice`
* Apenas as músicas da Britney Spears:
```{r}
bb_tidy %>%
filter(artista == 'Spears, Britney')
```
* Apenas músicas que chegaram à posição $1$, sem mostrar a coluna `pos`:
```{r}
bb_tidy %>%
filter(pos == 1) %>%
select(-pos)
```
* Apenas músicas que chegaram à posição $1$ em menos de $10$ semanas, mostrando apenas artista e música:
```{r}
bb_tidy %>%
filter(pos == 1, semana < 10) %>%
distinct(artista, musica)
```
* As funções da família `slice` filtram linhas de diversas maneiras.
* De acordo com seus índices (números de linha):
```{r}
bb_tidy %>%
slice(c(1, 1000, 5000))
```
```{r}
bb_tidy %>%
slice_head(n = 4)
```
```{r}
bb_tidy %>%
slice_tail(n = 4)
```
* De acordo com a [ordenação de uma coluna]{.hl} ou [de uma função das colunas]{.hl}:
```{r}
bb_tidy %>%
slice_min(pos)
```
```{r}
bb_tidy %>%
slice_max(semana)
```
* Aleatoriamente, criando uma amostra:
```{r}
bb_tidy %>%
slice_sample(n = 5)
```
* Veja a ajuda de `slice` para saber mais sobre estas funções. Por exemplo:
* `slice_min` e `slice_max` podem considerar ou não empates.
* Você pode especificar uma proporção de linhas (usando `prop`) em vez da quantidade de linhas (`n`).
* Você pode fazer amostragem com reposição, ou com probabilidades diferentes para cada linha.
### Ordenando linhas: `arrange`
* Por título, sem repetições:
```{r}
bb_tidy %>%
select(musica) %>%
distinct() %>%
arrange(musica)
```
* Por título, sem repetições, em ordem inversa:
```{r}
bb_tidy %>%
select(musica) %>%
distinct() %>%
arrange(desc(musica))
```
### Contando linhas: `count`
* Quantas semanas cada artista ficou nos *top* $100$? Duas músicas na mesma semana contam como duas semanas.
```{r}
bb_tidy %>%
count(artista, sort = TRUE)
```
* Quantas semanas cada música ficou nos *top* $100$?
```{r}
bb_tidy %>%
count(musica, sort = TRUE)
```
* Se houve músicas com o mesmo nome, mas de artistas diferentes, [o código acima está errado]{.hl}. O certo é
```{r}
bb_tidy %>%
count(musica, artista, sort = TRUE)
```
De fato, há uma diferença de uma linha.
#### Exercício
* Ache o título da música que tem dois artistas diferentes.
**Sugestão:** conte por música e artista primeiro, depois só por música.
### Agrupando linhas: `group_by` e `summarize`
* Qual foi a melhor posição que cada artista alcançou?
```{r}
bb_tidy %>%
group_by(artista) %>%
summarize(melhor = min(pos)) %>%
arrange(melhor)
```
* Qual foi a melhor posição que cada música alcançou?
```{r}
bb_tidy %>%
group_by(artista, musica) %>%
summarize(melhor = min(pos)) %>%
arrange(melhor)
```
* Quando usamos `summarize`, só o agrupamento [mais interno]{.hl} é desfeito. Isto significa que [o resultado acima ainda está agrupado por `artista`]{.hl}.
* Quantas semanas cada artista ficou na posição $1$?
A função `n()` é uma maneira conveniente de [obter o número de linhas de um grupo]{.hl} (ou, se não houver agrupamento, de toda a *tibble*); mas [`n()` só pode ser chamada em certos contextos]{.hl}, como `summarise()` ou `mutate()`.
```{r}
bb_tidy %>%
filter(pos == 1) %>%
group_by(artista) %>%
summarize(semanas = n()) %>%
arrange(desc(semanas))
```
* Perceba que `count`, que vimos mais acima, faz agrupamentos do mesmo modo:
```{r}
bb_tidy %>%
filter(pos == 1) %>%
count(artista, sort = TRUE)
```
* Uma pergunta diferente: quais são os artistas cujas músicas apareceram no *top* $100$ mais tempo depois do lançamento da música?
```{r}
bb_tidy %>%
group_by(artista) %>%
summarize(semanas = max(semana)) %>%
arrange(desc(semanas))
```
* Qual a posição média de cada música? Lembre-se de que eliminamos as linhas com `NA`; logo, [a média vai ser sobre a quantidade de semanas em que a música esteve na lista]{.hl}.
```{r}
media1 <- bb_tidy %>%
group_by(artista, musica) %>%
summarize(media = mean(pos), .groups = 'drop') %>%
arrange(media)
```
```{r}
media1
```
* E se quisermos [a média sobre o número de semanas desde a entrada da música até a última semana]{.hl} em que a música apareceu na lista?
```{r}
media2 <- bb_tidy %>%
group_by(artista, musica) %>%
summarize(media = sum(pos)/max(semana), .groups = 'drop') %>%
arrange(media)
```
```{r}
media2
```
As primeiras linhas são iguais, mas os resultados são diferentes:
```{r}
identical(media1, media2)
```
## Exercícios
1. Vamos trabalhar com um conjunto de dados sobre super-heróis.
Carregue o `tidyverse` com o comando
```{r eval=FALSE}
library(tidyverse)
```
Execute o seguinte comando para ler os dados para uma *tibble*:
```{r message=FALSE}
arquivo <- paste0(
'https://github.com/fnaufel/',
'probestr/raw/master/data/',
'heroes_information.csv'
)
herois_info <- read_csv(
arquivo,
na = c('', '-', 'NA')
) %>%
# Eliminar a primeira coluna (números de série)
select(-1) %>%
# Renomear colunas restantes
rename(
nome = name,
sexo = Gender,
olhos = 'Eye color',
raça = Race,
cabelos = 'Hair color',
altura = Height,
editora = Publisher,
pele = 'Skin color',
lado = Alignment,
peso = Weight
)
```
1. Quantas linhas tem a *tibble*?
`r inicio_resposta()`
```{r}
herois_info %>% nrow()
```
`r fim_resposta()`
1. Existem heróis que aparecem em mais de uma linha?
`r inicio_resposta()`
```{r}
herois_info %>%
count(nome)
```
Precisaríamos [examinar a tabela acima]{.hl}, procurando linhas com $n > 1$.
[Vamos pedir para o R fazer isto:]{.hl}
```{r}
repetidos <- herois_info %>%
count(nome) %>%
filter(n > 1)
repetidos
```
Vamos mostrar mais dados destes heróis:
```{r}
herois_info %>%
filter(nome %in% repetidos$nome) %>%
select(nome, editora, raça, everything())
```
Em alguns casos, são editoras diferentes (como para Angel e Atlas).
Em alguns casos, o mesmo herói aparece com várias características.
São $`r nrow(repetidos)`$ heróis que aparecem mais de uma vez. É um número pequeno o bastante para corrigirmos a situação manualmente.
Como não tenho conhecimento suficiente sobre heróis para fazer isso, vou ignorar esta confusão e usar os dados como estão.
`r fim_resposta()`
1. Quantas editoras diferentes existem na *tibble*? Liste-as em ordem decrescente de quantidade de heróis.
`r inicio_resposta()`
```{r}
herois_info %>% count(editora, sort = TRUE)
```
`r fim_resposta()`
1. Vamos colocar todas as editores menores em uma classe só.
Na coluna `editora`, substitua
* 'Marvel Comics' por 'Marvel',
* 'DC Comics' por 'DC', e
* todas as outras editoras pelo termo 'Outras'.
**Dica:** use a função `case_when()`, do `tidyverse`.
`r inicio_resposta()`
```{r}
herois_info <- herois_info %>%
mutate(
editora = case_when(
editora == 'Marvel Comics' ~ 'Marvel',
editora == 'DC Comics' ~ 'DC',
TRUE ~ 'Outras'
)
)
```
`r fim_resposta()`
1. Confira, novamente, a quantidade de valores diferentes na coluna `editora`.
`r inicio_resposta()`
```{r}
herois_info %>% count(editora, sort = TRUE)
```
`r fim_resposta()`
1. Existem heróis sem informação de editora. Quantos? Quais são?
`r inicio_resposta()`
```{r}
herois_info %>% filter(is.na(editora))
```
Na verdade, a chamada a `case_when()`, da maneira como fiz, já substituiu os `NA` por 'Outras'. Entenda por quê.
`r fim_resposta()`
1. Altere novamente a coluna `editora`, colocando o valor 'Outras' para os heróis sem informação de editora. Use a função `if_else()` (com *underscore*, não a função `ifelse`).
`r inicio_resposta()`
Se, no seu caso, ainda houver valores `NA` em `editora`, basta fazer o seguinte:
```{r eval=FALSE}
herois_info <- herois_info %>%
mutate(
editora = if_else(is.na(editora), 'Outras', editora)
)
```
`r fim_resposta()`
1. Confira, mais uma vez, a quantidade de valores diferentes na coluna `editora`.
`r inicio_resposta()`
```{r}
herois_info %>% count(editora, sort = TRUE)
```
`r fim_resposta()`
1. Existem heróis sem informação de sexo? Quantos? Para estes heróis, coloque o valor 'Desconhecido' na coluna `sexo`.
`r inicio_resposta()`
```{r}
herois_info %>% filter(is.na(sexo))
```
```{r}
herois_info <- herois_info %>%
mutate(
sexo = if_else(
is.na(sexo),
'Desconhecido',
sexo
)
)
```
Conferindo:
```{r}
herois_info %>% filter(is.na(sexo))
```
`r fim_resposta()`
1. Qual a altura mínima? Qual a altura máxima? Substitua as alturas negativas por `NA`.
`r inicio_resposta()`
Podemos extrair o vetor de alturas com `pull` e usar a função `summary` do R base, que retorna um vetor:
```{r}
herois_info %>%
pull(altura) %>%
summary()
```
Ou podemos usar `summarize`, do `tidyverse`, que retorna uma *tibble*:
```{r}
herois_info %>%
summarize(
minimo = min(altura),
maximo = max(altura)
)
```
Quantas alturas negativas existem?
```{r}
herois_info %>% count(altura < 0)
```
Substituindo as alturas negativas por `NA`:
```{r}
herois_info <- herois_info %>%
mutate(
altura = if_else(
altura < 0,
NA_real_,
altura
)
)
```
Como `if_else` (com *underscore*) é exigente, precisamos passar `NA_real_` em vez de `NA`.
Situação atual:
```{r}
herois_info %>%
pull(altura) %>%
summary()
```
`r fim_resposta()`
1. Qual o peso mínimo? Qual o peso máximo? Substitua os pesos negativos por `NA`.
`r inicio_resposta()`
Como fizemos com as alturas:
```{r}
herois_info %>%
pull(peso) %>%
summary()
```
Observe que existem valores `NA` em peso.
```{r}
herois_info %>%
summarize(
minimo = min(peso),
maximo = max(peso)
)
```
Para ignorar os valores `NA` nas funções `min()` e `max()`:
```{r}
herois_info %>%
summarize(
minimo = min(peso, na.rm = TRUE),
maximo = max(peso, na.rm = TRUE)
)
```
Quantos pesos negativos existem?
```{r}
herois_info %>% count(peso < 0)
```
Substituindo por `NA`:
```{r}
herois_info <- herois_info %>%
mutate(
peso = if_else(
peso < 0,
NA_real_,
peso
)
)
```
Como `if_else` (com *underscore*) é exigente, precisamos passar `NA_real_` em vez de `NA`.
Situação atual:
```{r}
herois_info %>%
pull(peso) %>%
summary()
```
`r fim_resposta()`
1. Qual é o peso médio de todos os heróis? Ignore os valores `NA`.
`r inicio_resposta()`
```{r}
herois_info %>% pull(peso) %>% mean(na.rm = TRUE)
```
`r fim_resposta()`
1. Qual é a altura média de todos os heróis? Ignore os valores `NA`.
`r inicio_resposta()`
```{r}
herois_info %>% pull(altura) %>% mean(na.rm = TRUE)
```
`r fim_resposta()`
1. Qual é a altura média dos heróis, por editora? Ignore os valores `NA`.
`r inicio_resposta()`
```{r}
herois_info %>%
group_by(editora) %>%
summarize(média = mean(altura, na.rm = TRUE))
```
`r fim_resposta()`
1. Quais são os $3$ heróis mais altos de cada sexo?
`r inicio_resposta()`
```{r}
herois_info %>%
group_by(sexo) %>%
slice_max(altura, n = 3) %>%
select(nome, sexo, altura)
```
Como houve empates, foram mostrados $4$ de sexo desconhecido e $4$ do sexo feminino.
Leia a documentação da função `slice_max` para descobrir como mostrar exatamente $n$ de cada grupo. (Dica: "empate", em inglês, é "*tie*".)
`r fim_resposta()`
1. Quais são as $3$ cores de olhos mais comuns para cada sexo?
`r inicio_resposta()`
```{r}
herois_info %>%
group_by(sexo) %>%
count(olhos, sort = TRUE) %>%
slice_head(n = 3)
```
`r fim_resposta()`
1. Liste, por editora, as quantidades de heróis do bem, do mal, e neutros.
`r inicio_resposta()`
```{r}
herois_info %>%
group_by(editora) %>%
count(lado)
```
ou
```{r}
herois_info %>%
group_by(editora, lado) %>%
summarize(n())
```
`r fim_resposta()`
1. Quantas raças diferentes existem?
`r inicio_resposta()`
```{r}
herois_info %>%
pull(raça) %>%
n_distinct()
```
ou (mostrando os nomes das raças e as quantidades de heróis por raça)
```{r}
herois_info %>%
count(raça)
```
ou
```{r}
herois_info %>%
group_by(raça) %>%
summarise(n())
```
`r fim_resposta()`
1. Qual a quantidade de raças diferentes de cada editora?
`r inicio_resposta()`