Pipeline for analyses of multiple pathogens, like SARS-CoV-2 with positivity rate analyses

Datové sady mutací viru Sars-Cov-2 zjištěných Diskriminačními RT-PCR testy v ČR a to převážně z laboratoří ve VFN.

Rozšíření do prohlížeče obsahující automatický skript vypisující všechny odhalené mutace.

Zobrazuje data pocházející z období 1.9.2021 - 8.2.2022 z VFN a FNB (Delta podzim a Omikron počátek roku). Data obsahují detekované mutace diskriminačními PCR testy, jejich rozložení v čase a srovnání s celogenomově sekvenovanými vzorky ze stejného období co se týče pohlaví.

Shiny app for creating Venn diagrams of SARS-CoV-2 variant/lineage mutations.

A simple program that uses parallel processing to detect deletions in fasta files relative to a reference genome.

Git Repository for Observations of COVID-19 vaccine coverage and vaccine hesitancy on COVID-19 outbreak: An American ecological study

Minor Allele Detection Pipeline for SARS-CoV2

Datové sady mutací viru Sars-Cov-2 zjištěných Diskriminačními RT-PCR testy v ČR a to převážně z laboratoří ve FNB.

Repository to discuss SARS-CoV-2 sequence quality

Easy to view version of RKI SARS-CoV-2 wastewater surveillance reports

Spike-only SARS-CoV-2 Nextstrain build

BA.2.86 project with Sigal lab

Epistatic models predict mutable sites in SARS-CoV-2 proteins and epitopes

VariantHunter is a tool for fast detection of emerging SARS-CoV-2 variants. It's an highly flexible and user friendly application for the systematic monitoring of the evolution of SARS-CoV-2 both at global and regional level.

Download raw data and turn it into useful dataset

SARS-CoV-2 variant growth rates and frequency forecasts

This project tries to give a glimpse of the different variants of SAR-CoV-2 in the world.

bvas: bayesian viral allele selection

Repository to propose and discuss lineages