This series of 10 workshops serves as a guide to use R for a wide array of statistical analyses relevant to research in biology and ecology. These open-access workshops were created by members of the QCBS both for members of the QCBS and the larger community.
The content of this workshop has been peer-reviewed by several QCBS members. If you would like to suggest modifications, please contact the current coordination team, listed here or open a pull request (see contributing guidelines at https://r.qcbs.ca/presenter-developer-protocol/developing-en.html).
Cette série de 10 ateliers servent de guide afin de maîtriser le logiciel R pour une grande variété d'analyses statistiques pertinentes en recherche en biologie et en écologie. Ces ateliers en libre accès ont été créés par des membres du CSBQ à la fois pour les membres du CSBQ et pour la grande communauté d'utilisateurs de R.
Le contenu de cet atelier a été révisé par plusieurs membres du CSBQ. Si vous souhaitez y apporter des modifications, veuillez SVP contacter l'équipe de coordination de la série, listé ici ou ouvrez un pull request (voir les instructions https://r.qcbs.ca/presenter-developer-protocol/developper-fr.html).
In this workshop, you will learn the basics of multivariate analyses that will allow you to reveal patterns in your community composition data. You will first learn to choose appropriate distance metrics and transformations to then perform various multivariate analyses: clustering analysis, Principal Component Analysis (PCA), Principal Coordinate Analysis (PCoA) and Non-Metric MultiDimensional Scaling (NMDS).
Material in R script is partly obtained from: Borcard, Gillet & Legendre (2011). Numerical Ecology with R. Springer New York.
Dans cet atelier, vous apprendrez les bases des analyses multivariées qui vous permettront de révéler les patrons de diversité dans vos données de communautés. Vous apprendrez d'abord comment choisir les mesures de distance et les transformations appropriées pour ensuite réaliser plusieurs types d'analyses multivariées: des groupements, des Analyses en Composantes Principales (PCA), des Analyses en Coordonnées Principales (PCoA) et des Positionnements Multidimensionnels Non-Métriques (NMDS).
Le script R est en parti issu de: Borcard, Gillet & Legendre (2011). Numerical Ecology with R. Springer New York
| Language | Slides | Bookdown | Script | GitHub |
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Note: The wiki for this workshop was converted to Bookdown in February 2021.
The wiki pages for this workshop will no longer be updated (Archive: EN, FR).
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.
This workshop was originally developed by Bérenger Bourgeois, Xavier Giroux-Bougard, Amanda Winegardner, Emmanuelle Chrétien and Monica Granados. Material in the R script was originally derived from Borcard, Gillet & Legendre (2011). Numerical Ecology with R. Springer New York.
Since 2014, several QCBS members contributed to consistently and collaboratively develop and update this workshop, as part of the Learning and Development Award from the Québec Centre for Biodiversity Science. They were:
| 2022 - 2021 - 2020 | 2019 - 2018 - 2017 | 2016 - 2015 - 2014 |
|---|---|---|
| Pedro Henrique P. Braga | Gabriel Muñoz | Monica Granados |
| Katherine Hébert | Marie Hélène-Brice | Emmanuelle Chrétien |
| Mi Lin | Pedro Henrique P. Braga | Bérenger Bourgeois |
| Linley Sherin | Amanda Winegardner | |
| Xavier Giroux-Bougard | ||
| Vincent Fugère | ||
| Zofia Taranu |
Template
Building workshop materials
| Language | Slides | Book |
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