Parseur du thésaurus des interactions médicamenteuses de l'ANSM

L'ANSM (Agence Nationale de Sécurité du Médicament) fournit sur son site Internet une liste des interactions entre les substances actives contenues dans les médicaments vendus en France. Cependant, cette liste est publiée sous forme de fichier PDF difficile à traiter automatiquement.

Cette bibliothèque Java fournit un parseur afin de faciliter l'extraction des informations contenues dans ce fichier.

Installation

Cette bibliothèque est publiée dans mon dépôt Maven. Suivez ces instructions pour ajouter un lien vers ce dépôt à votre projet.

Ensuite, la bibliothèque peut être ajoutée à la liste des dépendances du projet Maven, dans le fichier pom.xml :

<!-- pom.xml -->
<project xmlns="http://maven.apache.org/POM/4.0.0" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://maven.apache.org/POM/4.0.0 https://maven.apache.org/xsd/maven-4.0.0.xsd">
  <!-- ... -->
  <dependencies>
    
    <dependency>
      <groupId>app.mesmedicaments.interactions.ansm</groupId>
      <artifactId>thesaurus</artifactId>
      <version>0.0.1-SNAPSHOT</version>
    </dependency>
    
    <!-- ... -->

  </dependencies>
  <!-- ... -->
</project>

Utilisation

1. Récupérer le fichier PDF :

import java.net.URL;

InputStream file;

// Depuis une ressource locale
var resourceName = "Thesaurus202010.pdf";
file = getClass().getResourceAsStream(resourceName);

// Depuis Internet
var url = "https://ansm.sante.fr/uploads/2020/10/27/20201027-thesaurus-index-des-substances-20102020.pdf";
file = new URL(url).openStream();

2. Parser le fichier :

import java.util.Set;
import app.mesmedicaments.interactions.ansm.thesaurus.ThesaurusInteraction;
import app.mesmedicaments.interactions.ansm.thesaurus.parsing.ThesaurusParser;
import app.mesmedicaments.interactions.ansm.thesaurus.parsing.parsers.ThesaurusParser2020;

final ThesaurusParser parser = new ThesaurusParser2020();
final Set<ThesaurusInteraction<?, ?>> interactions = parser.parseFile(file);

Les interactions trouvées peuvent être de trois types :

• substance / substance ;
• classe de substances / substance ;
• classe de substances / classe de substances.

Il est possible d'"aplatir" une interaction avec une classe de substances en plusieurs interactions substance / substance, à l'aide des fonctions statiques flatten contenues dans la classe ThesaurusInteractionExtensions :

import java.util.stream.*;
import app.mesmedicaments.interactions.ansm.thesaurus.ThesaurusInteractionClasseSubstance;
import app.mesmedicaments.interactions.ansm.thesaurus.ThesaurusInteractionSubstanceSubstance;
import app.mesmedicaments.interactions.ansm.thesaurus.ThesaurusInteractionExtensions;
import app.mesmedicaments.interactions.ansm.thesaurus.ThesaurusSubstance;

// interaction classe de substances / substance
final ThesaurusInteractionClasseSubstance interactionCS = interactions.stream()
    .filter(i -> i instanceof ThesaurusInteractionClasseSubstance)
    .map(i -> (ThesaurusInteractionClasseSubstance) i)
    .findFirst()
    .get();
    
final Set<ThesaurusInteractionSubstanceSubstance> flattened = ThesaurusInteractionExtensions.flatten(interactionCS);

// ça fonctionne aussi sur l'ensemble des résultats :
// final Set<ThesaurusInteractionSubstanceSubstance> flattened = ThesaurusInteractionExtensions.flatten(interactions);

final ThesaurusInteractionSubstanceSubstance interactionSS = flattened.stream().findAny().get();
final ThesaurusSubstance substanceA = interactionSS.getLeftElement();
final ThesaurusSubstance substanceB = interactionSS.getRightElement();

final var names = Stream.of(substanceA, substanceB).map(s -> s.getName()).collect(Collectors.toList());