Endo-mining es el resultado de mi trabajo de fin de máster para el Máster de Bioinformática y Bioestadística de la Universitat Oberta de Catalunya.
El trabajo perseguía tres objetivos:
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Encontrar genes relacionados con la endometriosis aplicando técnicas de minería de textos.
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Desarrollar un script que permita realizar un procedimiento de minería de textos automáticamente, desde la recopilación de datos en bruto hasta la presentación de resultados.
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Desarrollar una aplicación web implementando el script de minería de textos resultante del objetivo anterior.
Como resultado del trabajo han quedado cuatro productos:
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La memoria del trabajo de fin de máster. En ésta se explican cuáles son los antecedentes del proyecto, su justificación, los métodos seguidos y los resultados.
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Un vídeo en el que explico el proyecto y presento la aplicación web.
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El script. Script en lenguaje R que realiza el procedimiento de minería de textos y análisis de resultados automáticamente, sin interacción con el usuario.
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La aplicación web. El resultado más interesante del proyecto ya que, al contrario que el script, es interactiva. Diseñada usando R Shiny (enlace al código).
Cada una de las carpetas corresponde a una entrega parcial del trabajo.
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PEC0: Propuesta del trabajo de fin de máster
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PEC1: Plan de trabajo.
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PEC2: Informe de seguimiento de mitad de proyecto.
Incluye el código de la aplicación web en la carpeta
shinyapp. -
PEC3: Informe de seguimiento de tres cuartos de proyecto.
Incluye el archivo del script (
PEC3_fase2_script.R). -
PEC4: Memoria del proyecto.
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PEC5a: Esquema y guión de la presentación en vídeo.
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script/data: Archivos de datos necesarios para el funcionamiento del script.