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Su-minn edited this page May 2, 2022 · 2 revisions

Biomedical λΆ„μ•Όμ—μ„œ Image Segmentation 을 λͺ©μ μœΌλ‘œ μ œμ•ˆλœ End-to-End λ°©μ‹μ˜ Fully-Convolutional Network 기반 λͺ¨λΈ

Model Keypoint

  • Architecture
  • Patch 탐색 방식
  • Training Method

Architecture

https://s2.loli.net/2022/02/09/MHXLrZ4Y3vc1QmJ.png

  • 넓은 λ²”μœ„μ˜ 이미지 ν”½μ…€λ‘œλΆ€ν„° 의미 정보λ₯Ό μΆ”μΆœν•˜κ³ , μ˜λ―Έμ •λ³΄λ₯Ό 기반으둜 각 ν”½μ…€λ§ˆλ‹€ 객체λ₯Ό λΆ„λ₯˜ν•˜λŠ” U λͺ¨μ–‘μ˜ μ•„ν‚€ν…μ²˜ λ₯Ό μ œμ‹œ

  • Model Structure 은 크게 3κ°€μ§€λ‘œ κ΅¬μ„±λ˜μ–΄μžˆλ‹€

    1. μˆ˜μΆ• 경둜 (Contracting Path) - 쒌츑
      • μ μ§„μ μœΌλ‘œ 넓은 λ²”μœ„μ˜ 이미지 픽셀을 보며 (Context Information)을 μΆ”μΆœν•˜λŠ” 경둜
    2. ν™•μž₯ 경둜 (Expanding Path) - 우츑
      • μ˜λ―Έμ •λ³΄λ₯Ό ν”½μ…€ μœ„μΉ˜μ •λ³΄μ™€ κ²°ν•©(Localization)ν•˜μ—¬ 각 ν”½μ…€λ§ˆλ‹€ μ–΄λ–€ 객체에 μ†ν•˜λŠ”μ§€λ₯Ό κ΅¬λΆ„ν•˜λŠ” 경둜
    3. μ „ν™˜ ꡬ간 (Bottle Neck) - 쀑앙 ν•˜λ‹¨
      • μˆ˜μΆ• 경둜 (Contracting Path) μ—μ„œ ν™•μž₯ 경둜 (Expanding Path) 둜 μ „ν™˜λ˜λŠ” λΆ€λΆ„
  • context (Semantic Information) 인식과 localization κ°„μ˜ trade-off λ₯Ό 보완

    • Contracting path μ—μ„œλŠ” μ΄λ―Έμ§€μ˜ Feature map (context 정보)을 μΆ”μΆœν•˜κ³ , Expanding Path λŠ” Feature map 을 λ‹€μ‹œ Upsampling ν•˜μ—¬ μ •ν™•ν•œ localization λ₯Ό μˆ˜ν–‰ν•œλ‹€
    • Expanding Path κ³Όμ • 진행 μ‹œμ—, Contracting Path μ—μ„œ μΆ”μΆœλœ Feature map (context 정보)을 κ°€μ Έμ™€μ„œ λΆ€μ°©ν•˜μ—¬ Contracting Path μ—μ„œ μƒμ„±λœ Context 정보와 Expanding Path 의 μœ„μΉ˜μ •λ³΄λ₯Ό κ²°ν•©ν•˜λŠ” λ°©μ‹μœΌλ‘œ trade-off λ₯Ό λ³΄μ™„ν•œλ‹€

Patch 탐색 방식

https://s2.loli.net/2022/02/09/LhIEWXgZurBa5Sq.png

  • U-net 은 μ „λ°˜μ μΈ 이미지λ₯Ό 이동해가며 일일이 ν™•μΈν•˜λŠ” Sliding Window 방식을 μ‚¬μš©ν•˜μ§€ μ•ŠλŠ”λ‹€
    • Sliding Window 방식을 μ‚¬μš©ν•˜λ©΄, 이미 μ‚¬μš©ν•œ window ꡬ역을 λ‹€μŒ Sliding Window μ—μ„œ λ‹€μ‹œ κ²€μ¦ν•˜κ²Œ λœλ‹€
    • μ‹œκ°„κ³Ό μ—°μ‚° μΈ‘λ©΄μ—μ„œ λ‚­λΉ„κ°€ λ°œμƒ

Training Method

  • Overlap tile Method (Strategy)
  • U-net 은 padding 을 μ μš©ν•˜μ§€ μ•Šκ³  Convolution 연산을 μˆ˜ν–‰ν•˜κΈ°μ—, 좜λ ₯ 크기가 μž…λ ₯ 크기 보닀 항상 μž‘λ‹€
    • 좜λ ₯ 크기와 μž…λ ₯ 크기λ₯Ό λ™μΌν•˜κ²Œ μ‘°μ •ν•˜λ €λ©΄ zero padding κ³Ό 같은 λ°©μ‹μœΌλ‘œ μž…λ ₯을 감싼 이후 convolution 연산을 μˆ˜ν–‰ν•΄μ•Όν•¨ https://s2.loli.net/2022/02/09/WuQUVo7SPFAN5nq.png
  • U-net 은 이 λŒ€μ‹  Overlap tile method λ₯Ό μ‚¬μš©ν•¨
    • μ‚¬μ΄μ¦ˆκ°€ μ€„μ–΄λ“€κ²Œλ˜λ©΄μ„œ μ±„μ›Œμ§€μ§€μ•Šμ€ κ°€μž₯자리의 missing value 뢀뢄을 미러링 기법을 톡해 κ²½κ³„λΆ€λΆ„μ˜ 이미지λ₯Ό λŒ€μΉ­μ‹œμΌœμ„œ 값을 채움
    • 이 기법을 톡해 정보 손싀을 μ΅œμ†Œν™”ν•˜λ©΄μ„œ context 정보λ₯Ό μ €μž₯ν•  수 μžˆμ—ˆλ‹€κ³  μ €μžλŠ” μ†Œκ°œ
  • Elastic Deformation https://s2.loli.net/2022/02/09/xi3LeSGgtYjwRy2.png
  • λ…Όλ¬Έμ—μ„œ μ‚¬μš©ν•œ Data Augmentation 방법

    • Data Augmentation μ—μ„œ 주둜 μ‚¬μš©ν•˜λŠ” μ„ ν˜•λ³€ν™˜μ— ν™•λ₯ μ μœΌλ‘œ noise λ₯Ό κ°€ν•΄μ£ΌλŠ” 방법
  • 일반적인 Data Augmentation (De-colorized, rotate, flip) 으둜 μ„ ν˜•λ³€ν™˜μ„ μ·¨ν•˜λ©΄ 이미지가 μΌμ •ν•˜κ²Œ λ³€ν•˜λŠ” κ·œμΉ™μ„±μ„ λ„κ²Œλœλ‹€

  • ν™•λ₯ μ μœΌλ‘œ noise λ₯Ό κ°€ν•΄μ£ΌλŠ” Elastic Deformation 을 μ‚¬μš©ν•˜λ©΄ 더 μžμ—°μŠ€λŸ½κ³  ν˜„μ‹€μ— κ°€κΉŒμš΄ Data λ₯Ό Augmentation ν•  수 있게 λœλ‹€

    • 더 Biomedical 뢄야에 μ ν•©ν•œ 데이터λ₯Ό 생성할 수 있게됨
    • Biomedical λΆ„μ•Όμ—μ„œ λ‹€λ£¨λŠ” 세포 λ“±μ˜ 이미지 λ°μ΄ν„°λŠ” μ‚΄μ•„μžˆλŠ” 생λͺ…체이기에 λͺ¨μ–‘이 λŒ€λΆ€λΆ„ λ‹€λ₯΄λ‹€
    • μˆœκ°„μ μΈ λͺ¨μ–‘μ˜ λ³€ν™”λ˜ν•œ Elastic Deformation 이 잘 ν‘œν˜„ν•  수 μžˆλ‹€κ³  함

Reference

AITech study archive CV wiki

Image Classification

Object detection

Segmentation

Human Pose Estimation

CNN Visualization

Image Generation

Multi-modal Learning

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